中国CDC（疾病预防控制中心）病毒病预防控制所进行的国内首次大规模乙脑分子流行病学研究发现，目前我国同时存在基因3型和基因1型两种乙脑病毒，新分离病毒与我国目前所应用的乙脑减毒活疫苗株在重要结构蛋白基因区段氨基酸位点特征无较大变化，我国当前流行的乙脑病毒完全可通过国产乙脑疫苗免疫预防。

中国CDC病毒病预防控制所副所长梁国栋研究员介绍，研究人员首先基于1990年至2000年全国乙脑流行病学资料与乙脑发病率分析，划分出我国乙脑高、中、低流行区及非流行区，并于2001年至2006年连续6年在不同流行区采集蚊虫及脑炎病人血清、脑脊液标本，所捕获蚊虫达10余万只，采集标本的范围包括10多个省区。研究发现，蚊虫携带乙脑病毒的比例与蚊虫种类密切相关，库蚊属蚊虫携带病毒比例最高，特别是三带喙库蚊是携带乙脑病毒最主要的蚊种。比较发现，乙脑高流行区的三带喙库蚊携带乙脑病毒率明显高于低流行区。

该研究新分离鉴定了80余株乙脑病毒，对其全部进行了基因测序。结合以往分离的乙脑毒株，科研人员共对百余株我国分离的乙脑毒株进行了分子生物学研究。从而发现，目前我国同时存在基因3型和基因1型乙脑病毒。于黑龙江、北京、陕西、贵州、福建分离到的毒株均属于基因3型，于河南、广西分离到的毒株属于基因1型，于辽宁、四川、上海、云南分离到的毒株为两种基因型别混杂。