以杂交方法培育优良品种或利用杂种优势称为杂交育种。杂交可以使生物的遗传物质从一个群体转移到另一群体，是增加生物变异性的一个重要方法。不同类型的亲本进行杂交可以获得性状的重新组合，杂交后代中可能出现双亲优良性状的组合，甚至出现超亲代的优良性状，当然也可能出现双亲的劣势性状组合，或双亲所没有的劣势性状。育种过程就是要在杂交后代众多类型中选留符合育种目标的个体进一步培育，直至获得优良性状稳定的新品种。

由于杂交可以使杂种后代增加变异性和异质性，综合双亲的优良性状，产生某些双亲所没有的新性状，使后代获得较大的遗传改良，出现可利用的杂种优势，并在鱼类的品种改良和生产中发挥出巨大作用，是鱼类育种的基本途径之一。

在杂交育种中应用最为普遍的是品种间杂交(两个或多个品种间的杂交)，其次是远缘杂交(种间以上的杂交)。中国自70年代以来，在鲤鱼各品种间进行了70多个组合的杂交实验，获得了丰鲤、荷元鲤、岳鲤、芙蓉鲤等杂交新品种，成为淡水鱼类中新的养殖对象，已在全国各地推广养殖，获得了明显的经济效益和社会效益。中国淡水鱼类的远缘杂交组合有近百种之多，有较好的效果，曾有过生产性应用的仅有鳊鲂杂种、鲴类杂种、鲢鳙杂种、鲤鲫杂种等少数几个杂交组合后代。由此可见，并非所有的杂交都能创造好品种，只有付出艰辛的探索才能取得理想的结果。