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温室番茄种植中出现徒长苗、僵苗现象主要原因是光照不足，温度过高水分过大。出现秧苗徒长或僵苗后危害较多。徒长苗花芽分化晚，落花多，成活率低，会大幅度减产，而又不能实现早熟。
防止秧苗徒长的措施，主要是增强光照和降低温度，并适当控制水分。当秧苗生长密集时要及时分苗，育苗后期可扩大株行距，防止过分遮阴。阴冷天气要适当掀开覆盖物使秧苗见光，当外界温度适宜时，要全部去掉覆盖物，使秧苗充分接受光照。对温度条件，要严格按秧苗各个阶段所需要的温度进行管理，及时通风降温。
秧苗的生长发育受到抑制时，常出现僵苗。僵苗的特征是：苗矮小，茎直，叶小，不易发育新根，花芽分化不正常容易落花落果，定植后缓苗慢。在冷床中育苗常出现秧苗僵化现象，主要原因是苗龄过长，秧苗长期处于低温、干旱条件。
防止秧苗僵化的措施：首先要改控苗为促苗，给秧苗以适宜的温度和水分条件，促进秧苗迅速生长。实践证明，利用工厂化育苗，电热温床育苗等控制措施育苗，很少有秧苗僵化现象发生。其次是利用冷床育苗时，尽量提高苗床的气温和低温并适当浇水，不要过分控肥控水；对于已有僵化现象发生的秧苗，可以采取提高床温、适当浇水等措施。